2009-10 sezonunda UEFA Avrupa Ligi’nde mücadele edecek Fenerbahçe, kadrosunu André Santos, Fabio Bilica, Ertuğrul Taşkıran, Bekir İrtegün, Özer Hurmacı, Mert Günok, Cristian Baroni ve Mehmet Topuz gibi oyuncularla güçlendirdi. UEFA Avrupa Ligi grup maçlarında grubunu lider olarak tamamlayan takım, 2. turda Lille ile karşılaştı. İlk maçta deplasmanda rakibine 2-1 yenilen Fenerbahçe, ikinci maçta 1-1 berabere kalarak turnuvaya veda etti. Ligde ise başarılı bir sezon geçiren Fenerbahçe son hafta kendi evinde Trabzonspor ile 1-1 berabere kalarak Bursaspor’un 1 puan gerisinde ikinci olarak şampiyonluğu kaybetti. Bu şampiyonluğun kaybedilmesiyle birlikte teknik direktör Christoph Daum’un görevine son verilerek yerine Fenerbahçe’nin önemli futbolcularından Aykut Kocaman getirildi.
2009-2019
2010-11 sezonunda yeni bir yapılanmaya giden takımda Miroslav Stoch, Caner Erkin, Issiar Dia, Mamadou Niang ve Joseph Yobo gibi oyuncular kadroya dahil edildi. Bir önceki sezonu ikinci sırada bitiren Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi’ne eleme turlarından katıldı. Bu turda İsviçre ligi takımlarından Young Boys ile eşleşti. İlk maçı 2-2 biten maçın rövanşında rakibine 1-0 yenilerek bu turnuvaya veda etti. UEFA Avrupa Ligi’nde ise Yunanistan ligi takımlarından PAOK ile eşleşen Fenerbahçe 0-0 ve 1-0’lık skorlarla rakibine elenerek Avrupa kupalarına veda etti. Ligde ise ilk yarıyı liderin 9 puan gerisinde bitiren Fenerbahçe, ikinci yarıda 17 maçta 16 galibiyet ve 1 beraberlik alarak sezonu şampiyon olarak tamamladı. Fenerbahçe bu şampiyonlukla 18. lig şampiyonluğuna ulaşmış oldu. Aynı sezon takım kaptanı Alex 33 maçta attığı 28 golle ikinci kez gol kralı oldu.
2011-12 sezonunda şike soruşturması nedeniyle Avrupa kupalarından men edilen Fenerbahçe, transferde Emmanuel Emenike, Henri Bienvenu, Reto Ziegler, ve Moussa Sow gibi önemli oyuncuları kadrosuna dahil etti. Ancak Emmanuel Emenike şike soruşturması nedeniyle lig maçlarına katılamadan Rusya’nın Spartak Moskova takımına transfer oldu. Sezon sonunda ilk 4 takımın arasında bulunduğu ve ilk kez düzenlenen play-off grubunda mücadele eden Fenerbahçe, grubu Galatasaray’ın 1 puan gerisinde ikinci sırada bitirerek şampiyonluğu kaybetti. Türkiye Kupası’nda ise finale yükselen Fenerbahçe, finalde Bursaspor ile karşılaştı. 16 Mayıs 2012 tarihinde yapılan maçta Fenerbahçe, rakibini Caner Erkin, Cristian Baroni, Semih Şentürk ve Alex’in golleriyle 4-0 mağlup ederek 29 yıl aradan sonra Türkiye Kupası şampiyonluğuna ulaştı. Sezon sonunda Alex olaylı bir şekilde takımdan gönderildi.
2012-13 sezonunda Dirk Kuyt, Salih Uçan, Hasan Ali Kaldırım, Mehmet Topal, Egemen Korkmaz, Milos Krasic, Raul Meireles ve Pierre Webó gibi önemli oyuncular kadroya dahil edildi. Bir önceki sezonu ikinci olarak bitiren Fenerbahçe, eleme turlarından katıldığı Şampiyonlar Ligi’nde play-off karşılaşmasında Spartak Moscow takımına 1-2 ve 1-1’lik skorlarla elenerek bu turnuvaya veda etti. Avrupa kupalarına UEFA Avrupa Ligi’nden devam eden takım, grup maçlarında 4 galibiyet, 1 beraberlik ve 1 mağlubiyet alarak grubunu lider olarak tamamladı ve bir üst tura yükseldi. 2. turda BATE Borisov’u, 3. turda ise Viktoria Plzen’i eleyen Fenerbahçe, tarihinde ilk kez çeyrek finale yükseldi. Çeyrek finalde Lazio ile eşleşen Fenerbahçe, rakibini ilk maçta kendi sahasında 2-0 yendi. İkinci maçta ise deplasmanda 0-0 berabere kalarak yarı finale yükseldi. Yarı finalde Portekiz ligi takımlarından Benfica ile karşılaşan Fenerbahçe, ilk maçı kendi sahasında 1-0 kazanmasına karşın, deplasmanda rakibine 3-1 yenilerek turnuvaya veda etti. Ligi ise Galatasaray’ın 10 puan gerisinde ikinci sırada bitirdi. Aynı sezon Türkiye Kupası’nda finale yükselen Fenerbahçe, finalde Trabzonspor’u Moussa Sow’un attığı golle 1-0 mağlup ederek 6. kez Türkiye Kupası’nı kazandı.
Fenerbahçe’ye 2 lig, 1 Türkiye Süper Kupası
kazandıran teknik direktör Christoph Daum.
Fenerbahçe’nin 2007-2012 yılları
arasında takım kaptanlığını yapan
önemli futbolcularından Alexsandro de Souza.
2013-14 sezonunda teknik direktör Aykut Kocaman ile yollar ayrılarak yerine Ersun Yanal getirildi. Transferde ise Alper Potuk, Michal Kadlec ve Bruno Alves önemli transfer hamleleri olarak gerçekleşti. Daha önce şike soruşturmasınedeniyle takımdan ayrılan Emmanuel Emenike, 2 yıl aradan sonra 13 milyon euro karşılığında transfer edildi. Bir önceki sezonu ikinci sırada bitiren Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi’ne eleme turlarından katıldı. 3. eleme turunda Avusturya ligi takımlarından Salzburg’u 1-1 ve 3-1’lik skorlarla eleyerek play-off turuna yükseldi. Play-off turunda Arsenal ile eşleşen Fenerbahçe, rakibine 3-0 ve 2-0’lık skorlarla elenerek Şampiyonlar Ligi’ne veda etti. 29 Ağustos 2013 tarihinde ise devam eden şike soruşturması sonuçlanarak Fenerbahçe Avrupa kupalarından 2 yıl süreyle men edildi.
2014-15 sezonunda istifa eden Ersun Yanal’ın yerine teknik Direktörlüğe İsmail Kartal getirildi. Takıma yalnızca Diegotransfer edildi. Cristian Baroni ve Joseph Yobo ile yollar ayrıldı. Miroslav Stoch, Birleşik Arap Emirlikleri ekibi Al Ain FCkulübüne 1 yıllığına kiralandı. Salih Uçan, Serie A’nın önemli takımlarından AS Roma’ya 2 yıllığına kiralandı. Galatasaray’ı penaltılar sonucu 3-2 yenerek sezona 2014 Türkiye Süper Kupası ile başladı. Türkiye Kupası’na yarı finalde Bursaspor’a elenerek veda etti. 4 Nisan 2015 tarihinde Çaykur Rizespor maçı sonrasında Trabzon Havalimanına ilerleyen otobüse Sürmene ilçesinde silahla ateş açıldı. Olayda otobüs şoförü yaralandı.
2015-16 sezonunda sportif direktörlüğe İtalyan Giuliano Terraneo getirildi. İsmail Kartal ile yollar ayrılarak Portekizli teknik direktör Vítor Pereira takımın başına getirildi. Fenerbahçe sezona hızlı ve önemli transferlerle başladı. Abdoulaye Ba ve Fabiano Riberio, Portekiz ekibi FC Porto’dan kiralandı. Simon Kjaer, Şener Özbayraklı, Fernandão, Josef de Souza ve ayrıca Nani ve Robin van Persie gibi önemli futbolcuları kadrosuna kattı. Pierre Webó, Selçuk Şahin, Bekir İrtegün, Egemen Korkmaz, Mert Günok ve kaptan Emre Belözoğlu gibi isimlerle yollar ayrıldı. Emmanuel Emenike, Birleşik Arap Emirlikleri ekibi Al Ain FC kulübüne 1 yıllığına kiralandı.
2016-17 sezonunda takımdan izinsiz olarak ülkesine giden Vítor Pereira yerine teknik direktör olarak Hollandalı teknik direktör Dick Advocaat takımın başında yer aldı. Bu sezonda Fenerbahçe, ligi 3. sırada tamamladı. Türkiye Kupası’nda yarı finalde Başakşehir’e elendi.
2017-18 sezonu başında takımın daha önce 2010-2013 yıllarında teknik direktörlüğünü yapan eski futbolcu Aykut Kocaman ile 2 yıllık sözleşme imzalandı. Sezon başında UEFA Avrupa Ligi Üçüncü ön eleme turunda Sturm Graz’ı 1-2 ve 1-1 l,k sonuçlarla eleyen takım play-off turunda Makedon temsilci Vardar’a 2-0 ve 1-2’lik maçlarla yenilerek Avrupa Kupası defterini çok erken kapattı. Süper Lig’e de iyi bir başlangıç yapamayan takım 11 hafta sonunda 4 galibiyet, 5 beraberlik ve 2 mağlubiyet alarak 7. sırada yer aldı. Daha sonrasında çıkışa geçen Kocaman’ın öğrencileri ilk yarıyı lider Medipol Başakşehir’in 3 puan gerisinde ilk yarıyı 3. sırada tamamladı. İkinci devrede 12 kez kazanan Fenerbahçe 3 beraberlik 2 mağlubiyet aldı. Bu sonuçlarla ezeli rakibi Galatasaray’ın 3 puan gerisinde sezonu 2 tamamladı ve bir sonraki sezonda Şampiyonlar liginde ön eleme oynamaya hak kazandı. Sezonda 14’ü ligte olmak üzere toplam 15 gol atan Giuliano takımın en golcü ismi oldu. 2017-18 Türkiye Kupası’nda yarı finalde Beşiktaş’la eşleşen Fenerbahçe ilk maçta deplasmandan 2-2’lik skorla döndü. 19 Nisan 2018’de oynanan rövanşta maç 0-0 devam ederken çıkan saha olayları nedeni ile hakem Mete Kalkavan maçı tatil etti. 25 Nisan’da toplanan Türkiye Futbol Federasyonu yönetim kurulu maçı kaldığı 57. dakikadan seyircisiz olarak devamına karar verdi. Beşiktaş alınan karara tepki olarak 3 Mayıs olarak belirlenen tarihte sahaya çıkmadı ve Fenerbahçe 3-0 hükmen galip olarak finalde Akhisar Belediyespor’un rakibi oldu. 10 Mayıs’ta Yeni Diyarbakır Stadyumu’nda oynanan final maçında Fenerbahçe Akhisar Belediyespor’a 3-2 mağlup olarak Türkiye Kupası’nı ikinci sırada tamamladı.
Fenerbahçe formasıyla çıktığı 87
maçta 36 gol atan Robin van Persie.
2018-19 sezonu başlamadan 3 Haziran 2018 tarihinde yapılan olağan genel kurulunda 20 yıldır kulübün başkanı olan Aziz Yıldırım’ın karşısına Ali Koç başkan adayı olarak çıktı. Kongre sonucunda 20.736 geçerli oyun 16.092’sini alan Ali Koç Fenerbahçe’nin 37. başkanı oldu. Başkanlık seçiminin ardından Fransız futbol insanı Damien Comolli sportif direktörlük görevine getirildi. 18 Haziran 2018 tarihinde teknik direktör Aykut Kocaman ile yolların ayrıldığı duyuruldu. 22 Haziran 2018 tarihinde, Hollandalı teknik direktör Phillip Cocu ile 3 yıllık sözleşme imzalandığı açıklandı.
